Photoshopのレイヤーを素早くIllustratorに移動する（読み込む）方法 でもチラッと書きましたが、Photoshopからillustratorにテキストをコピペすると、フォントや色の書式情報は活かされますが、文字の大きさが変わってしまうことがあります。

かと思えば一致することもあり。
ずっと疑問でしたが、ようやく原因がわかりました。

Photoshopのバウンディングボックスで拡大縮小したテキストは、illustratorにペーストすると文字サイズが変わる

この現象は、Photoshopでテキストのサイズを変更する際、バウンディングボックスでサイズを変えた場合に起きてしまう現象のようです。

例えば100ptの文字を、文字パネルからサイズを60ptにすれば、そのテキストをillustratorにコピペしても60ptになりますが、バウンディングボックスで縮小させて60ptにした文字は、元の100ptとしてillustratorにペーストされるようです。

対策は…?

色々調べましたが、どうやらPhotoshopでは変形をリセットする機能はなさそうす。（知っている方がいたら教えてください…）

デザイン時にバウンディングボックスによる変形を使わなければいいですが、現実はそうはいかないと思うので、ペースト時に都度手動でサイズを変更するしかなさそうですね。